Fundaţia Academia Civică a preluat ruina fostei închisori în 1993, în vederea transformării ei în muzeu.

Pentru realizarea acestui proiect trebuia pe de o parte organizată strângerea de fonduri pentru reabilitarea clădirii, iar pe de altă parte realizarea unei bănci de date necesare creării muzeului. Centrul de studii înfiinţat şi condus de Romulus Rusan, încă din 1993, a demarat înregistrările de istorie orală şi colectarea de fotografii, acte, obiecte, scrisori, colectii de ziare, carti, manuale, albume, inregistrari de istorie orala, precum si - pe un alt plan - organizarea de ateliere, seminarii, simpozioane, intalniri intre victimele comunismului si istoricii din Romania si din strainatate, publicarea de carti cuprinzand marturii, studii, statistici si documente privind rezistenta anticomunista si reprimarea ei. Pana in prezent, centrul a realizat peste cinci mii de ore de inregistrari, 35000 de pagini de carte si a tezaurizat zeci de mii de documente (file, fotografii, casete audio si video).

În paralel, prin concurs, alcătuirea proiectului de reabilitare a clădirii fostei închisori transformate în muzeu a fost încredinţat firmei UMROL din Cluj, iar execuţia propriu-zisă firmei Stelid din Baia Mare. Lucrările au durat până în anul 2000. Pentru că edificiul, vechi de un secol, era ruinat şi plin de igrasie, a fost nevoie de refacerea fundaţiilor, izolaţiilor, acoperişului, iar pereţii interiori, care oricum fuseseră revopsiţi şi nu mai aminteau perioada anilor 50, au fost văruiţi în alb.

Rezultat al unor cercetări laborioase, fiecare celulă a devenit o sală de muzeu, în care, întâi într-o formă provizorie, mai apoi definitivă, urmând acum o ordine cronologică, sunt prezentate marile teme ale represiunii comuniste, ale distrugerii statului de drept şi înlocuirii lui printr-o construcţie de tip totalitar

Cercetarea istorică a fost realizată de angajaţii şi colaboratorii Centrului de Studii, iar realizarea muzeografică a fost înfăptuită de firmele Ozana Design - designer Ştefan Popa, firma Prima Metal - arh. Radu Canciovici şi Ciprian Ionescu, Lime Production - designer Bogdan Dumitrescu, Forum Art - arh. Dan Popovici, Ghildus Design System - designer Alexandru Ghilduş, APGA - arh. Petru Gheorghiu, MB Studio - arh. Matei Marcu şi Octavian Carabela.