La Fondation Academia Civica a repris la ruine de l’ancienne prison en 1993, afin de la transformer en musée. Pour mener à bon terme le projet, il fallait, d’un côté, démarrer la collecte de fonds requis pour la remise en état du bâtiment et, de l’autre, mettre en place une banque de données nécessaires à l’aménagement du musée. Le Centre d’études dirigé par Romulus Rusan avait commencé dès 1993 à monter une banque de données en vue de l’ouverture du musée. Celle-ci contenait des photos, des objets, des lettres, des collections de journaux, des livres, des manuels scolaires, des albums, des enregistrements d’histoire orale. Le Centre avait également organisé des ateliers, des séminaires, des rencontres entre les victimes du communisme et les historiens roumains et étrangers et avait publié des livres de témoignages, des études, des statistiques et des documents concernant la résistance anticommuniste et sa répression. Jusqu’à présent, le Centre a réalisé 5000 heures d’enregistrements audio, 35000 pages de livre et a thésaurisé des dizaines de milliers de documents (feuillets, photos, cassettes audio et vidéo).
En parallèle, par le truchement d’un concours, la réalisation du projet de rénovation du bâtiment a été confiée à l’UMROL Cluj, tandis que l’exécution proprement dite est revenue à l’entreprise Stelid de Baia Mare. Les travaux ont duré jusqu’en 2000. Etant donné que l’immeuble, vieux d’un siècle, était ruiné et rongé par la moisissure, il a fallu refaire la fondation, l’isolation et le toit. Les murs intérieurs, qui avaient de toute façon été repeints et ne rappelaient plus l’atmosphère des années 1950, ont été blanchis à la chaux.
A la suite de recherches laborieuses, chaque cellule a été transformée en salle de musée, où sont présentés par ordre chronologique les grands thèmes de la répression communiste, de la destruction de l’Etat de droit et de son remplacement par un système de type totalitaire.
La recherche historique a été menée par les employés et les collaborateurs du Centre d’Etudes, tandis que la conception muséographique a été confiée aux entreprises Ozana Design – designer Ştefan Popa, Prima Metal – architectes Radu Canciovici et Ciprian Ionescu, Lime Production – designer Bogdan Dumitrescu, Forum Art – architecte Dan Popovici, Ghildus Design System – designer Alexandru Ghilduş, APGA – architecte Petru Gheorghiu, MB Studio – architecte Matei Marcu et Octavian Carabela.