Die Art der Zerstörung der christlichen Kirchen, die in Rumänien aktiv waren, war von Fall zu Fall verschieden. Das Ziel war jedoch das gleiche: Entwurzelung des Glaubens und Verbreitung des materialistisch-dialektischen Atheismus.
Die Orthodoxe Kirche Rumäniens, die Mehrheitskirche des Landes, wurde entmachtet. Die Hierarchie wurde aufgelöst, einige kamen unter merkwürdigen Bedingungen um, andere wurden verhaftet und zu “Zwangsdomizil” ins Kloster geschickt. Die neugewählten Würdenträger der Kirche waren nach Gehorsamskriterien gegenüber der Regierung ausgewählt. Mehr als 2000 Priester wurden im Laufe der Jahre verhaftet. 1959 hat die Securitate und das Kultusministerium die Zahl der Klöster und Mönche um zwei Drittel reduziert, auch gegen den Willen des Patriarchen, mit der Begründung, daß die Klöster den Partisanen aus den Bergen und den reaktionären Kräften Unterschlupf gewährten. Einige Klöster (Vladimiresti) wurden durch das Militär evakuiert. 1959-1960 wurden auch hunderte von Priestern eingesperrt mit der Begründung, daß sie den Mystizismus verbreiteten und sich durch ihre Predigten gegen den dialektischen Materialismus der sozialistischen Ordnung stellten. Die Diskussionszirkel wurden aufgelöst und um sie zu entmutigen, wurden politische Prozesse eingeleitet (“Der brennende Scheiterhaufen”). Eine Organisation der orthodoxen Laien – “Das Heer des Herren” – wurde zerstört und ihre Anführer verhaftet.
Griechisch-katholische Kirche (uniert mit Rom), die zweite nationale Kirche des Landes mit etwa 1,5 Millionen Mitgliedern wurde im Oktober 1948 verboten. Eine kleine Anzahl von Priestern unterschrieb die Übertrittserklärung zur Orthodoxie. Diejenigen Priester und Bischöfe, die sich weigerten, wurden zu Zwangsdomizil in den orthodoxen Klöstern verurteilt oder nach Sighet gebracht. Die Kirche funktionierte im Geheimen, anstelle der verhafteten Prälaten wurden andere ernannt, die schrittweise auch verhaftet wurden. Der erste von in Gefangenschaft verstorbenen Bischöfe war Vasile Aftenie (1950 während eines Verhörs beim Innenministerium). In Sighet starben Ioan Suciu, Traian Frentiu und Titu-Liviu Chinezu. Der Bischof Iuliu Hossu, der die anlässlich der großen Versammlung zur Vereinigung mit dem Land die Proklamation von Alba Iulia verlesen hatte, starb 1970, kurz nach dem er aus dem Kloster Caldarusani entlassen worden war.
Die römisch-katholische Kirche hatte während der kommunistischen Zeit den Status einer tolerierten Kirche, war aber offiziell nicht anerkannt, da das Vatikanische Konkordat von der Rumänischen Volksrepublik aufgekündigt wurde. Da sie “Beziehungen zum Ausland” unterhielt (eine Tatsache, die von den führenden Kommunisten als niederträchtig betrachtet wurde) wurde sie als “imperialistisches Amt”, “Spionen- und Betrügernest” usw. betrachtet. Eine Reihe von politischen Prozessen endete mit der Verurteilung und Ausweisung der Apostolischen Nuntiatur in Bukarest. So wie im Falle der anderen Kirchen wurden die katholischen Schulen aufgelöst und vom Staat übernommen, die Bischöfe und Priester wurden verhaftet, zu mehreren Jahren Gefängnis verurteilt. Viele sind in Gefangenschaft gestorben. Monsignore Vladimir Ghika ist eine spezielle Tafel von beunruhigender Plastizität gewidmet
Die protestantischen und neoprotestantischen Glaubensgemeinschaften wurden ebenfalls verfolgt mit der Begründung, daß sie “von außen” geleitet wurden. Die Kommunisten duldeten keine Art von Tätigkeit, sei es auch konfessioneller Art, die nicht unter ihrer Kontrolle stand.
In den kommunistischen Gefängnissen haben die Bediensteten aller Glaubensrichtungen ihre Mission fortgeführt, wobei sowohl konfessionelle Schranken als auch die Unnachgiebigkeit der Gefängniswärter überwunden wurden. Aus mündlichen Überlieferungen sind wahre Beispiele ökumenischer Verbrüderung bekannt. Eine Fallstudie ist dem Pastor Richard Wurmbrand gewidmet, der nach der Kovertierung zum Christentum mehrere Jahre missionarische Aktivitäten betrieb.